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1、垂直层流式

顶棚上全部设置HEPA过滤器，气流朝床垂直吹出再全面排出气体使之循环。因为这种方式能使干净的空气在最短的距离喷出排气，所以清洁度很高。没有发出灰尘和发出细菌的源头清洁度可能达到级别100，而且它是全面的喷出和全面的排气所以洁净室整体可达到同一清洁度。

级别	换气次数(次/小时)	风速(m/s)
100	200-600	0.25-0.3

2、水平层流式

洁净室的一侧面全部设置HEPA过滤器，从这里作为喷出口，气流朝相对的另一面喷出，然后再从侧面排气使之循环。采用这种方式会使喷出口和排气口的周围的清洁度产生不均匀。只有在喷出口的周围才能达到级别100的清洁度。在三种方式中水平层流式费用最为昂贵。

级别	换气次数(次/小时)	风速(m/s)
100-1000	100-600	0.45-0.6

3、乱流式

顶棚还有一侧面设置HEPA过滤器。从这里作为喷出口，在接近床面的一侧排气使之循环。一般放置在调节空气的管道喷出口部位。采用此种方式费用较便宜，但是因为气流很乱，所以室内的清洁度不均匀，只限于级别10000--100000之间。

级别	换气次数(次/小时)	风速(m/s)
10000-1000000	20-60	----